viện lẽ ông này không tuân theo Hòa ước Nhâm Tuất (1862). Giáo sư Nguyễn Văn Hầu
ghi lại: Sau khi Đô đốc Nam Kỳ là De la Grandière biết tin Thủ Khoa Huân lẩn trốn ở
Thất Sơn, viên sĩ quan Pháp này buộc Tổng đốc An Giang phải bắt ông Huân giao cho
họ làm tội. Tổng đốc An Giang không thuận. Tức thời, Doudart de Lagrée được lệnh
đem 500 quân cùng đại bác từ Oudong (Campuchia) xuống huy hiếp thành An Giang.
Trước áp lực đó, Tổng đốc An Giang đành nhượng bộ.
Nghe tin ông bị bắt, vợ là Lê Thị Lộc đã đến An Giang đề đưa đơn xin tha cho chồng
nhưng không kịp. Bị giải đến Sài Gòn, mặc dù thực dân Pháp đem mọi thứ ra dụ hàng
nhưng Thủ Khoa Huân vẫn kiên quyết chối từ. Cuối cùng vào ngày 22 tháng 8 năm
1864, ông bị kết án 10 năm tù khổ sai và bị đày đi Cayenne, là một thuộc địa của Pháp
ở Nam Mỹ. Sau nửa thập kỷ bị giam cầm, ngày 4-2-1869, Pháp cho lệnh ân xá và đưa
ông về quản thúc tại nhà Tổng đốc Đỗ Hữu Phương, đồng thời cử ông làm giáo thọ dạy
bảo cho các “sinh đồ” ở Chợ Lớn với hy vọng lôi kéo ông về phía họ.
Vào năm 1872, lợi dụng điều kiện đi dạy học, Nguyễn Hữu Huân liên lạc với các sĩ
phu yêu nước và hội kín Hoa kiều Trường Phát, nhờ mua vũ khí để chuẩn bị tiến hành
khởi nghĩa lần thứ ba. Trong khi cuộc khởi nghĩa đang được chuẩn bị khẩn trương, nhờ
do thám nên Pháp bắt được thuyền chở vũ khí. Trước tình hình bất lợi đó, ông ra lệnh
giải tán, bí mật trốn khỏi nhà Tổng đốc Phương tìm đường về lại Mỹ Tho họp cùng Âu
Dương Lân khởi nghĩa. Lần này dân chúng theo Nguyễn Hữu Huân rất đông, trong số
đó có cả một số hương chức, hội tề, địa chủ... Địa bàn kháng chiến của ông kéo dài từ
Mỹ Tho đến Mỹ Quý - Cai Lây. Cuối năm 1874, quân Pháp có Trần Bá Lộc, Đỗ Hữu
Phương đánh vào căn cứ ở Bình Cách. Cản ngăn không nổi, nghĩa quân bỏ chạy tán
loạn. Nguyễn Hữu Huân thoát được về Chợ Gạo, đến khoảng tháng 3 năm sau, ông trở
lại vùng Tân An để tập hợp lại lực lượng, thì bị bắt vì bị chỉ điểm. Nhà cầm quyền Pháp
(Tỉnh trưởng Mỹ Tho De Gailland (1873 -1875) ra lệnh bắt giam Nguyễn Hữu Huân ở
Mỹ Tho. Sau khi chiêu hàng không thành, họ kết án tử hình ông. Trước khi thụ hình,
ông nhắn vợ con tế sống mình và gửi vải vào cho ông đề thơ và câu liễn (Liễn tuyệt
mệnh) để thờ. Ngày 15 tháng Tư năm Ất Hợi (tức 19-5-1875), người Pháp cho tàu chở
Nguyên Hữu Huân xuôi theo dòng Bảo Định về Mỹ Tịnh An và hành quyết ông lúc 12
giờ trưa.
Nguyễn Hữu Huân làm thơ không nhiều, và hầu hết sáng tác của ông đều làm trong
thời kỳ kháng Pháp. Tuy nhiên, qua bài thơ Tặng vợ (làm lúc bị Pháp bắt lần đầu) bài
Tự thuật (làm khi bị đày sang Guyan), và nhiều bài khác như: Bửa củi, Cảm hoài, Thuật
hoài, Hò khoan ca, Khi được tha về đều tỏ rõ ý chí bền bỉ tranh đấu vì đất nuớc và nhân
dân của ông. Vì vậy, Nguyễn Hữu Huân được ghi nhận là “một hiện tượng đặc sắc của
văn học yêu nước thế kỷ 19 của Việt Nam: hiện tượng nhà thơ chiến sĩ.” Nguyễn Hữu
Huân là một người có tài về thơ văn. Thơ của ông mang nặng tình quê hương đất nước,
nêu cao tinh thần chiến đấu chống giặc ngoại xâm. Khi bị lưu đày sang xứ người, ông
đã viết một bài thơ, thể hiện ý chí của mình:
“Muôn việc cho hay ở số trời,
Cái thân chìm nổi biết là nơi.
Mấy hồi tên đạn ra tay thử,
Ngàn dặm non sông dạo gót chơi.
Chén rượu Tân-đình nào luận tiệc,
Câu thơ cố quốc chẳng ra lời.
Cương thường bởi biết mang nên nặng,
Hễ đứng làm trai chuốc nợ đời.”