Ngay từ năm 1989 khi phong trào dựng lại di tích hay đầu tư vào các hoạt
động tâm linh còn chưa được quan tâm đến nhiều thì Đình Bảng cùng với sự kết hợp
của Ủy ban nhân dân, Mặt trận tổ quốc, hội các cụ ông cụ bà cùng toàn thể dân làng đã
cùng quyết tâm dựng lại di tích. Do kinh tế lúc đó còn khó khăn nên ban đầu dân làng
dựng lại đền bằng nguyên vật liệu tại chỗ của làng là các cây xoan, bạch đàn, phi lao
dựng lên ba gian để lấy chỗ thờ cúng. Việc giữ gìn các di tích được dân làng đặc biệt
chú ý. Từ nền móng ba gian này, dân địa phương mỗi người lên làm lễ tự nguyện công
đức. Cứ dần dần như thế, đền được chỉnh trang tu bổ dần, do gỗ xoan, bạch đàn dễ nứt
nên dân làng thay dần bẳng gỗ lim, đền ngày càng mở rộng và chắc chắn hơn. Đền Đô
được Nhà nước công nhận là di tích lịch sử - văn hóa theo quyết định số 154 của bộ
Văn hóa -Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) ngày 25/01/1991. Ghi
nhận những giá trị văn hóa, lịch sử, kiến trúc của Khu Di tích lịch sử văn hóa Đền Đô,
tháng 3/2015, cùng với Khu Lăng mộ các Vua nhà Lý, Đền Đô đã được xếp hạng Di
tích quốc gia đặc biệt.
Đến với đền đô ngày nay, nhìn vào từng chi tiết trên đền còn thấy rõ dấu
tích của từng đợt công đức, từng người công đức lớn, chỉ tính riêng từ ngoài nhà
vuông cho đến khám thờ trong đền cũng phải qua đến bốn giai đoạn xây dựng. Xếp
theo trình tự thời gian, các hạng mục công trình của đền lần lượt được dựng lại như
sau: năm 1989, dân làng Đình Bảng đã đem tấm bia quý và cổ “Cổ Pháp điện tạo bi”
về vị trí cũ rồi xây nhà bia để bảo vệ. Năm 1990, nhân dân nơi đây đã công đức xây
nhà bia bên phải thể hiện sự nuối tiếc tấm bia quý “Đình Bảng điện bia” khắc năm
1606 với ý: Nhà Lý đã trị vì trong 216 năm, qua tám đời vua đều được lòng dân trong
cả nước. Từ việc dời đô về Thăng Long đến các việc lớn nhỏ đều mẫu mực. Cho dù
thời vận đã hết nhưng công đức ấy vẫn được tôn vinh. Người dân Việt Nam cần ghi
nhớ công đức ấy, phải trùng tu đền thờ xuân thu tứ thời bát tiết, phải tôn kính báo đền
cho nhà Lý…Nhà bia đã bị giặc Pháp phá hủy hoàn toàn năm 1952, đến năm 1994
được một gia đình người dân làng Đình Bảng đã công đức “Bia trùng tu đền Đô”. Năm
1992 nhà Chuyển bồng được trùng tu lại, đây là nơi cuối cùng để làm nghi thức tế lễ.
Ở giữa là hương án, hai bên có câu đối, phía trên có bức hoành phi lớn, tất cả được
chạm khắc tinh xảo và sơn son thếp vàng rất đẹp. Người dân đã tôn sùng nhiều vị
thánh trong đời nhà Lý như: thánh Linh Lang ở Thăng Long, thánh Lãng ở Hà Tây,
thánh Không Lộ ở Nam Định…Thế nhưng, tiêu biểu cho các tháng đời nhà Lý lại là
tám vị vua Lý, được nhân dân gọi một cách tôn trọng là Lý Bát Đế. Hai voi thờ đắp
nổi bằng xi măng do bộ đội Từ Sơn công đức cũng được đắp năm 1992. Nhà tiền tế
được xây dựng lại năm 1998 với tám hàng cột, 48 cột. Nhà tiền đế ở ngay sau phương
đình. Hai bên hương án là hai vị quan cận thần cầm cây gậy đứng hai bên. Ở hai hàng
cột trước sau hương án có các câu đối. Đây là nơi bắt đầu làm lễ tế với nhiều nghi thức
khác nhau. Lễ được diễn ra từ nhà tiền đế và tiến dần đến nhà chuyển bồng. Năm 1999
nhà Phương đình được xây lại. Phương Đình được dựng lên theo kiểu ba gian, hai lớp
mái với tám đầu đao cong vút, mềm mại. Trên hai lớp mái có hai cặp tượng lưỡng long
tranh châu. Với hình dáng con rồng thời Lý có thân hình dài và uốn khúc uyển chuyển,
nhẹ nhàng. Là nơi chuẩn bị mũ áo và sắp xếp đồ lễ tế trước khi bước vào nhà tiền tế.
Năm 2000, một hạng mục lớn của Đền Đô được trùng tu mở rộng do Ủy
ban nhân dân thành phố Hà Nội đầu tư với kinh phí 651 triệu đồng. Cùng năm đó, nhà
Thủy đình và Thạch kiều quan họ cũng được làm mới do Bộ Tài chính đầu tư kinh phí
900 triệu đồng. Nhà Văn Chỉ được Bộ Quốc phòng đầu tư 220 triệu đồng để xây mới.
Văn chỉ khánh thành ngày 22/12/2002. Trong Văn chỉ có tượng thờ Thái sư Lý Đạo
Thành, là người có công trong việc giúp vua chống quân Tống xâm lược và Thái úy