Một thời gian sau, ông được cử làm giám đốc bệnh viện Phủ Doãn và cùng với
giáo sư Hồ Đắc Di, ông đã bắt tay xây dựng Trường Đại học Y của nước Việt Nam
độc lập. Sau khi thực dân Pháp nổ súng tái xâm lược Đông Dương, ông tham gia tổ
chức cứu chữa thương bệnh binh, xây dựng các tuyến mổ xẻ như ở mặt trận Tây Nam
Hà Nội cùng các Bác Sĩ Nguyễn Hữu Trí, Hoàng Đình Cầu…Trong thời kỳ chiến
tranh ác liệt, ông vẫn tham gia tổ chức điều trị, phát triển ngành y tế, đồng thời với
nghiên cứu khoa học, với đào tạo sinh viên, xây dựng nền tảng trường y khoa Việt
Nam, dù phải di chuyển nhiều lần, ở nhiều địa bàn như Vân Đình, Hà Đông (1946),
Lăng Quán, Tuyên Quang (1947), Phù Ninh, Phú Thọ (1949), Chiêm Hóa, Tuyên
Quang (1950)…Ông còn được cử làm cố vấn phẫu thuật ngành quân y cho Bộ Quốc
Phòng. Cũng trong thời gian này, cùng với giáo sư Đặng Văn Ngữ, ông đã nghiên cứu,
góp phần sản xuất penicillin phục vụ thương bệnh binh trong điều kiện dã chiến.
Năm 1947, Giáo sư Tôn Thất Tùng được cử giữ chức Thứ trưởng Bộ Y tế và
giữ chức vụ này cho đến năm 1961. Từ năm 1954, Ông là Giám đốc bệnh viện Hữu
nghị Việt - Đức, và giữ cương vị Chủ nhiệm Bộ môn Ngoại, Đại học Y Dược Hà Nội.
Ông đề cao việc tiếp thụ y học phương Tây để xây dựng và phát triển nền y học của
nước nhà, nghiên cứu bệnh tật và chữa trị cho người Việt Nam, đi đầu trong việc áp
dụng các kỹ thuật phát triển ngành ngoạt khoa Việt Nam. Ông là người đầu tiên mổ
tim ở Việt Nam (1958). Trong những năm 1960, ông đã nghiên cứu thành công
phương pháp “cắt gan có kế hoạch”, thường được gọi là “phương pháp mổ gan khô”
hay “phương pháp Tôn Thất Tùng”. Ông cũng là người đặt nền móng cho việc nghiên
cứu tác hại của chất độc hóa học điôxin đến con người và môi trường tại Việt Nam,
phương pháp điều trị các vết thương do bom bi, phương pháp điều trị ung thư gan
bằng phẫu thuật kết hợp dùng miễn dịch và 123 công trình khoa học khác.
Là một bác sĩ hàng đầu, nhà khoa học lớn, với cương vị là Thứ trưởng Bộ Y tế
nhưng bác sĩ Tôn Thất Tùng luôn giản dị, gần gũi và chăm sóc bệnh nhân bằng một
tình cảm đặc biệt như đối với người thân của mình. Với học trò, ông luôn ân cần, chỉ
bảo tận tình, đào tạo nên lớp lớp các thế hệ thầy thuốc Việt Nam, là lực lượng nòng cốt
để xây dựng nền y học Việt Nam hiện đại. Giáo sư Tôn Thất Tùng là một trong những
người đầu tiên xây dựng Trường Đại học Y Hà Nội của nước Việt Nam độc lập, ông
đã gắn bó cuộc đời mình với công tác đào tạo cán bộ, nghiên cứu khoa học đến phục
vụ con người.
Là một nhà khoa học lớn thường xuyên làm việc với bệnh nhân, với phẫu thuật,
tiếp xúc với nỗi đau của con người nhưng Giáo sư Tôn Thất Tùng có một trái tim nhạy
cảm và một tâm hồn thi sĩ. Trái tim ông luôn rung động trước những nỗi đau của con
người, luôn yêu thương con người và luôn lạc quan dù trong bất kỳ hoàn cảnh khó
khăn nào. Niềm tin tưởng, lạc quan đó ở ông luôn có sức lan tỏa, cảm hóa lớn đối với
những người xung quanh, với bạn bè, đồng nghiệp, học trò và cả những bệnh nhân và
người nhà của họ.
Vào ngày 7-5-1982, sau một cơn đau tim Giáo sư Tôn Thất Tùng đã trút hơi thở
cuối cùng tại Hà Nội, hưởng thọ 70 tuổi và an táng tại nghĩa trang Mai Dịch – Hà Nội.
Với những công lao, đóng góp to lớn của ông đối với nền y học Việt Nam, Giáo
sư Tôn Thất Tùng đã được Đảng và Nhà nước tặng thưởng nhiều danh hiệu, nhiều
huân chương, huy chương cao quý, nhưng trên tất cả đối với ông đó là được đem sức
của mình để phục phụ nhân dân, được đóng góp công sức vào sự phát triển của khoa
học Việt Nam.
Nhân dịp kỷ niệm 110 năm ngày sinh của Giáo sư, bác sĩ Tôn Thất Tùng nhắc
lại những kỷ niệm về ông, ôn lại những bài học mà ông đã dạy, tìm hiểu thêm về